Διεύθυνση Οικονομικής Οργάνωσης και Υποστήριξης περιλαμβάνει τα ακόλουθα τμήματα:
α) Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης
β) Τμήμα Προμηθειών
Η Διεύθυνση Οικονομικής Οργάνωσης και Υποστήριξης είναι αρμόδια για την υποστήριξη και τον έλεγχο της οικονομικής λειτουργίας της Δ.Υ.Πε. και των εποπτευόμενων Φ.Π.Υ.Υ..
Η αρμοδιότητα αυτή κατανέμεται στα Τμήματα της ως ακολούθως:
α) Το Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης:
- Συντάσσει τον Προϋπολογισμό, Απολογισμό, Ισολογισμό της Δ.Υ.Πε. και έχει όλες τις αρμοδιότητες οικονομικής υποστήριξης των Διευθύνσεων της Δ.Υ.Πε. και ειδικότερα: Μεριμνά για την εκκαθάριση και την καταβολή των τακτικών και πρόσθετων αποδοχών του προσωπικού της Δ.Υ.Πε. και διενεργεί τις πάσης φύσης πληρωμές, τηρεί τα προβλεπόμενα λογιστικά βιβλία, στοιχεία και λογαριασμούς και μεριμνά για την εκκαθάριση και καταβολή των λειτουργικών και λοιπών δαπανών της Δ.Υ.Πε..
- Παρακολουθεί και παρεμβαίνει στη σύνταξη των προϋπολογισμών και των τροποποιήσεων αυτών των Φ.Π.Υ.Υ. της Περιφέρειας και μεριμνά για τον έλεγχο της εκτέλεσης των ανωτέρω προϋπολογισμών σε μηνιαία και ετήσια βάση.
- Ελέγχει τους Απολογισμούς και Ισολογισμούς των Φ.Π.Υ.Υ. της οικείας Υγειονομικής Περιφέρειας.
- Αξιολογεί τη διαχείριση των περιουσιακών στοιχείων των Φ.Π.Υ.Υ. της οικείας Υγειονομικής Περιφέρειας.
- Μεριμνά για την εφαρμογή του διπλογραφικού λογιστικού συστήματος και της αναλυτικής λογιστικής από τους Φ.Π.Υ.Υ. της οικείας Υγειονομικής Περιφέρειας.
β) Το Τμήμα Προμηθειών συγκεντρώνει τα Ενιαία Προγράμματα Προμηθειών της Δ.Υ.Πε. και όλων των Φ.Π.Υ.Υ. της οικείας Υγειονομικής Περιφέρειας, καθώς και τις τροποποιήσεις τους, και τα αξιολογεί, ελέγχει, εγκρίνει και ενοποιεί. Το ενοποιημένο Ενιαίο Πρόγραμμα Προμηθειών υποβάλλεται ακολούθως στο Υπουργείο Ανάπτυξης, κοινοποιούμενο στο Υπουργείο Υγείας.
Επίσης, μπορεί να διενεργεί διαγωνισμούς κατά τις κείμενες διατάξεις.